Linux for clinics: open source para la práctica médica

The Linux For Clinics (LFC) es un proyecto que tienen un interes comun en la salud, la medicina, la humanidad, el software libre y de código abierto (FOSS). Asimismo es un software que representa una comunidad que comparte los ideales comunes de ayudar a la humanidad a fin de que nos podamos tratar todos con respeto, solidaridad e igualdad.

Principalmente tiene 3 objetivos primordiales:

1. Software:
Crear una distribución GNU/Linux orientada a apoyar la practica clinica y de laboratorio. En este concepto esta incluido la posibilidad de ser utilizado en cualquier idioma, en cualquiera de los kernels y sistemas operativos linux y la capacidad de personalización, para daptarlo a las necesidades del personal.

2. Paquetes Educativos:
Debido al escaso número de programas educativos y a la baja popularidad de estos para los estudiantes y profesionales, se intenta atacar este problema por medio de la creación de nuevas opciones inovadoras.

3. Metas Sociales:

• Extender a la comunidad la filosofia Ubuntu
• Proveer herramientas informaticas en beneficio de los profesionales de la salud, y en definitiva a toda la humanidad
• Proveer plataformas de software a los paises mas necesitados o regiones con menor desarrollo.
  

The Linux For Clinics (LFC)
Descarga y Prueba LFC

Tuberculosis en oleo

Cristóbal Rojas (1857–1890)
La miseria (1886). Óleo sobre tela
180,4 x 221,4 cm

En La Miseria, Cristobal Rojas, quien sufrio de tuberculosis, refleja el aspecto social de la enfermedad, y su relación con las condiciones de vida durante los últimos años del siglo XIX.
.fuente

SPSS en linux: la estadistica en open source

Desde hace como 2 años estoy del lado de la fuerza (linux) todo gracias a mi amigo kernel_panic de quien he aprendido parte de lo que se dentro del mundo del pinguino....

Sin embargo no podia deshacerme de la sombra del XP, y ahora del guindous "hasta la vista", por la simple razon de que un gran programita no podia correr en linux, sin dar tanta lata ....cosa que para los novatos como yo pues resulta ser un enorme muro. Me refiero al SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) que en mi Universidad, y mas especificamente en investigación en biomedicina en el laboratorio al cual estoy adscrito, se usa muy habitualmente.

Hoy finalmente despues de leer y releer en foros y blogs pude instalarlo y correrlo correctamente, y como no soy egoista xD, comparto con ustedes un pequeño tutorial para que puedan tener todo el poder de la estadistica en tu pc/laptop sin tener esclavisarte a la "ventanita".

Lo primero que debeis hacer es bajar el torrent, del cual se descarga la imagen .iso de SPSS 16 para linux pinchando aqui. el tiempo de descarga depende de tu conectividad a internet pero en mi caso particular se demoro un poco menos de 24 horas.

Seguidamente, en tu directorio /home/(tu nombre) aparecera una carpeta llamada SPSS16Linux la cual hospeda la imagen .iso

Una vez que tengas ubicado el archivo spss16linux.iso tienes que montarlo en la unidad cdrom, obviamente no tienes que quemarlo en un cd, sino que lo puedes montar de manera virtual con Gmount-iso, el cual lo puedes instalar tecleando en la terminal

sudo apt-get install gmountiso

o desde el siguiente enlace.

Un vez montado puedes acceder a los archivos de la imagen iso clikeando "jump to", el cual te enviara al directorio /media/cdrom0 donde esta montado spss16linux.iso y donde salen un conjunto de carpetas que guardan los archivos del programa.

Busca la carpeta Installation Documents y luego en la carpeta SPSS abre el archivo Single User License Installation Instruction.pdf, alli saldra la informacion para instalar el programa, y las dependencias necesarias para tal fin.

Al momento de la instalacion no olvides seguir las instrucciones que estan escritas en el archivo edgeiso.nfo de la carpeta EDGE (es una de las que estan en la imagen iso). Es necesaria para obtener la clave del producto para lo cual el iso trae un keygen que abre con wine.


Tecleando SPSS 16 linux en Google puedes conseguir toda la informacion necesaria, sobre todo de los siguientes links, todos con lo que necesitas saber a la hora de instalar:

1. SPSS For Linux (CON REVIEW)!!!

2. SPSS 16 for linux on Ubuntu 8.10

3. SPSS 16 for Linux + Hardy... it works

Como siempre es posible que ignoremos algun paso y que cometamos errores. Para ello OVERDETERMINED nos dice que NO debemos hacer a la hora de instalar SPPS pra linux:

4. Installing SPSS 16 in Ubuntu: What not to do.

Que no les pase lo mismo que a mi jejeje: instalen las dependencias que les pide el programa segun el archivo Single User License Installation Instruction.pdf, DESACTIVEN COMPIZ PARA CORRER SPSS y tecleen en la terminal los 2 codigos que aparecen en el tutorial numero 3.

Disfruten de SPSS 16, finalmente para linux :D

Molecula del mes... Dengue Virus

Febrero de 2009. La Molecula del mes via RCSB por David Goodsell | doi: 10.2210/rcsb_pdb/mom_2008_7

nota: este post no pretende ser un articulo de revision sobre el tema, el objetivo es maramente ilustrativo sobre la estructura del virus del dengue.

El virus del Dengue se ha convertido en unos de los mayores problemas de salud publica en los paises tropicales Aunque su incidencia esta limitada a las lineas fronterizas del tropico del cancer y capricornio, habitat natural de su vector "el mosquito", entre 50 y 100 millones de personas se infectan cada ano por esta causa.

La sintomatologia se caracteriza por fiebre dengue, cefalea, la presencia de rash y cuando el virus alcanza el sistema circulatorio aparece el temido dengue hemorragico.

El Dengue es un virus de pequeno tamano formado por ARN que solo codifica 10 proteinas. Tres de las cuales son estructurales y se encargan del deposito del ARN al interior de la celula. Las siete restantes son las proteinas especializadas en orquestar la replicacion del virus que se lleva cabo dentro del citoplasma.

Estas ultimas se encuantran envueltas por una membrana de lipidos sobre las cuales "flotan" 180 copias identicas de las proteinas de la capsula que atracan en la celula huesped en el momento de la infeccion.

microscopia electronica: virus del dengue (blanco), fragmentos Fab
de anticuerpos que se unen a las proteinas de la capsula (azul).

Medicar o no medicar...he aquí el dilema!

Mercado Jorge, Medicar y no medicar - He aquí el dilema, Revista de medicina interna, 2007;3(2):51-52

Arritmias por desodorantes antitranspirantes

El Aluminio, metal presente en todos los desodorantes antitranspirantes en cualquiera de sus presentaciones, es capaz según un estudio de producir arritmias cardíacas, el cual quedo demostrado clínica y electrocardiográficamente. Este producto de uso generalizado produce extrasístoles ventriculares esenciales que se traduce en latidos prematuros, debido a la posible acción de las sales de aluminio (clorhidrato, sulfato y otras), de acción constrictora sobre el músculo liso, incluyendo los contenidos en los vasos arteriales y en el folículo piloso, entre otros.
A causa de esto viene el efecto antisudoral y desodorante al disminuir la acidez que provoca el sudor, y en consecuencia evitar la destrucción bacteriana, causa principal, junto con otras sustancias y toxinas eliminadas por este medio, del mal olor axilar.

En este estudio de 1,500 casos de extrasistolia ventricular esencial, se demuestra que la omisión de los desodorantes que contienen aluminio, que son todos los procesados industrialmente en todas sus presentaciones, constituye una de sus principales causas. La omisión de dichos productos como única medida, produjo la desaparición de la arritmia en el 76% de los casos, y agregando uno o dos antiarrítmicos a baja dosis en el 24% restante. Los resultados favorables encontrados sucedieron un mes después del inicio del tratamiento, y se mantuvieron hasta los seis meses en el 100% de ellos, únicamente evitando el desodorante industrializado.
El mecanismo de acción de este efecto benéfico no se conoce, por lo cual se ameritan nuevas investigaciones experimentales para determinarlo y para determinar si también estos productos tan difundidos tienen inherencia en la génesis de la hipertensión arterial y efecto local a tejidos vecinos (axila, mama), por acción de la retención de toxinas al bloquear la salida del sudor.

Los investigadores indican que el aluminio debe evitarse debido a que es causa de extrasistolia ventricular. Como alternativas naturales para evitar el mal olor axilar hay varias opciones, originadas de la experiencia popular:

• Hidróxido de magnesio (leche de magnesia), utilizado para las vías digestivas como antiácido y laxante,
• El bicarbonato (sal de sodio), el talco...entre otros

De éstas la que ha dado mejores resultados es el hidróxido de magnesio, que además de proteger del mal olor axilar actúa, como sal de magnesio que es, como antagonista del calcio. Su acción desodorante no se debe a su efecto antitranspirante o antisudoral como lo hace el aluminio, sino a la conversión del pH del medio axilar de ácido, por efecto del sudor, a alcalino, lo cual evita la destrucción bacteriana, y en consecuencia, el mal olor.

BERMUDEZ A, F, BERMUDEZ P, V, CANO P, C et al. El Desodorante Antitranspirante y su Efecto Arritmogénico por Acción del Aluminio: Experiencia Clínica y Electrocardiográfica en 1.500 Pacientes. AVFT, jul. 2000, vol.19, no.2, p.117-120. ISSN 0798-0264.

Molécula del mes: Canales transmembrana Mecanosensitivos

La molécula del mes vía rcsb: Molecule of the Month por David Goodsell | doi: 10.2210/rcsb_pdb/mom_2008_11

Canales Mecanosensitivos

Es notable nuestra gran capacidad de adaptarnos a las condiciones medioambiantales. Nuestros cuerpos, piel y cerebros nos permiten sensar las condiciones atmosfericas, predecir eventos, buscar o fabricar refugio, vestidos... Resistimos al extremo calor o frío, y nuestra piel nos protege si vamos para una nadada en agua dulce o agua salada. Si las cosas siguen demasiado incómodas, podemos levantarnos y caminar siempre lejos, encontrando un calentador o un lugar más fresco o más seco... Las bacterias tienen menos opciones. Son pequeños y se sumergen en agua, por tanto su ambiente pueden plantear desafíos inmnsos y peligrosos para la vida. Si llueve pueden ser rodeados repentinamente por el agua dulce. Esto es peligroso porque el agua filtra en la célula con ósmosis y aumenta la presión intracelular (turgencia). En otras veces, la bacteria puede ser cambiada de puesto o las condiciones pueden variar repentinamente a medios muy salados, que saca el agua, deshidrata la célulay puede morir por plasmolisis. Sin embargo, así como la vida se adapta a casi todo, las bacterias han desarrollado métodos para resistir estos cambios, así que pueden guardar una presión osmótica constante y cómoda dentro de la misma.

Bacterias Bajo Presión
Las bacterias controlan su presión interna cambiando la concentración de moléculas citoplasmaticas. En condiciones saladas, se oponen a la deshidratación transportando iones al interior de la célula y sintetizando moléculas más pequeñas. Por otro lado, si se colocan en agua pura, deben reducir su concentración interna de iones y de pequeñas moléculas. Para ello, utilizan Canales Mecanosensitivos que abiertos permiten que aproximadamente el 95% de pequeñas moléculas, como los aminoácidos, los azúcares, y los iones del potasio se escapen hacia fuera. Sin embargo, guardan sus proteínas o ribosomas con seguridad dentro de si, recuperandose rápidamente para empezar en pocos minutos la síntesis de proteínas, cuando las condiciones vuelvan a la normalidad.




Como Válvulas de presión

Los MscS, o Canales Mecanosensitivos de pequeña conductancia, se componen de siete cadenas idénticas dispuestas para formar un tubo. Una porción de ella cruza la membrana y forma un poro barosensible de cerca de 13 angstromes en diámetro. Esto es apenas grande bastante pasar las pequeños moléculas e iones. La porción citoplásmica (demostrada en la parte inferior aquí) forma un casquillo sobre el poro, creando una antecámara que limita el tamaño de las moléculas que pueden alcanzar el poro cuando se abren. El canal de los MscS, demostrado en la entrada 2oau de PDB), se abre a presiones bajas y moderadas. Éstos responden a la presión intracelular, abriéndose cuando consiguen niveles peligrosos. Detectan esta presión sensando cambios en las características de la membrana, por tanto cuando la membrana es estirada por altas presiones internas, acciona el cambio conformacional que abre el canal. La célula tiene diversos canales que se abran en diversos niveles de presión.

Canales Largos
Los MscL, o Canales Mecanosensitivos de gran conductancia (entrada 2oar del PDB), entran en juego en emergencias calamitosas, cuando la presión consigue tan alta que la célula pudiera estallar. Se abren para formar un poro más grande que el canal de los MscS con una abertura de 30-40 angstroms. Se componen de cinco cadenas idénticas que se abren, como el diafragma de una cámara, cuando la membrana celular se estira firmemente.

Analogías del bastón de Asclepio

Hace unos días consegui, vía PocoBlog y sé y haz estas interesantes imagenes:
La vara de Asclepio es el simbolo de la ciencia médica y esta formada por una serpiente enroscada alrededor de una vara de madera tortuosa. La composición de éste ha cambiado a través de las épocas y según las ideas y creencias religiosas de los pueblos. Se consideraba proveniente de la mitología griega, pero se ha podido conocer, a partir de descubrimientos realizados por arqueólogos, que en civilizaciones anteriores a la griega, como la Caldea y la Asiria, ya se utilizaba este símbolo. En excavaciones en Caldea, se hallaron vasos que tenían en sus aristas la maza con 2 serpientes enroscadas y una inscripción dedicada a su dios, llamado Nin-Guin-Zi-Da, por la cual se calcula data del 3 000 AC [*].

Según una leyenda moderna, una amante del dios Apolo da a luz a su hijo común, Asclepio, en Epidauro. Luego abandonan al niño en la montaña, donde una cabra cuida de su nutrición y un perro de su seguridad. Después es recogido por unos pastores y a partir de ahí sus poderes curativos se vuelven famosos en todo el país. De tal suerte que en los santuarios son adorados Asclepio y Apolo conjuntamente; sobresaliendo, por lo general, en importancia el hijo respecto al padre[*][**].

Este simbolo antiquisimo ha sido sinequanon en representaciones de la medicina y la vida...En este post traigo unas interesantes analogías sobre este simbolo, el ADN y la vida:

Números 21,4-9
21:8 Y Jehová dijo a Moisés: Hazte una serpiente ardiente, y ponla sobre una asta; y cualquiera que fuere mordido y mirare a ella, vivirá.
21:9 Y Moisés hizo una serpiente de bronce, y la puso sobre una asta; y cuando alguna serpiente mordía a alguno, miraba a la serpiente de bronce, y vivía.

Interesante no?

Células madre "éticas" de testiculos...¿solución a la controversia?

Un equipo científicos liderizado por Thomas Skutella de la University of Tübingen de Alemania, ha hecho crecer diferentes tipos celulares como células de la piel, hueso, músculo, cartílago, neuronas y gástricas, a partir de espermatogonias aisladas de biopsias de testículos. Su trabajo ha sido publicado en la revista nature (Nature, DOI: 10.1038/nature07404) y apunta a ser un nuevo objetivo en la investigación en células madre. Esta alternativa suena prometedora puesto que las células derivadas del testículo del paciente no serán rechazadas por su sistema inmunológico, además éstas células suenan mas agradables desde un punto de vista ético, sobre las células madre de origen embrionario, conservando el mismo potencial terapéutico según las recientes proyecciones.

La obtención de las células se realiza por medio de biopsias de testículo, y aunque suene muy doloroso, éstas son comparables con las biopsias de piel. Además éstas biopsias son realizadas de manera rutinaria en los pacientes que se encuentran en tratamiento por casos de infertilidad.

En la imagen de la izquierda se puede observar (en la flecha delgada) unas células muy pequeñas, pues esas son las espermatogonias se encuentran en la capa mas basal junto a las células peritubulares dando origen a la gametogénesis masculina.

Trabajo original publicado en Nature
Otro recurso relacionado

vía: The new Scientist

¿Cuándo administrar insulina?

Criterios de Insulinización

• Pacientes con Diabetes Mellitus tipo 1 sin reserva funcional de la célula beta

• Aquellos pacientes con Diabetes Mellitus tipo 2 que presenten alguno de los siguientes criterios:
  • Descompensaciones hiperglucémicas agudas
  • Diabetes mal controlada, estando realizando correctamente la dieta y el tratamiento con hipoglucemiantes orales durante al menos 3 meses, en ausencia de obesidad.
  • Contraindicaciones para el uso de hipoglucemiantes orales
  • Embarazo
  • De forma transitoria en situaciones de stress , infecciones, tratamientos con corticoides, problemas para la alimentación oral...
  • Algunos autores recomiendan insulinizar cuando el tiempo de evolución de la diabetes es superior a 10 años y en presencia de complicaciones micro o macroangiopáticas. Habrá que considerar factores como el nivel socio-cultural, calidad de vida y objetivos individuales ante el paciente.